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八神太一たち8人の「選ばれし子供達」の冒険から3年。平和を取り戻したはずのデジタルワールドに、デジモンカイザーと名乗る少年が突如として現われ、デジモンたちを意のままに操ろうとしていた。
一方、ヒカリと同じ学校に転入したタケルは、大輔・京・伊織と出会う。
そんな時、デジタルワールドへ行っていた太一から助けを求めるメールが届き新たに手に入れたデジヴァイスを手に、大輔たちはデジタルワールドへ向かう。
そこで大輔は、太一の見つけた勇気のデジメンタルからブイモンを目覚めさせる。ブイモンのアーマー進化により、ようやく敵を撃退する大輔たち。
こうして、平和なデジタルワールドを取り戻す為に、新しい「選ばれし子供達」の冒険が始まるのだった…。
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