明るく陽気なオバケたちが住みつく「オバ渓谷」。そこでオバケの研究家「オヤ・マー博士」は、オバケと仲良く暮らしていました。オバ渓谷の夜空に浮かぶ、不思議な力を持った「ダークムーン」に忍び寄る黒い影……「キングテレサ」がダークムーンをバラバラに壊してしまったのです。するとオバ渓谷に怪しげな霧が立ちこめ、オバケたちが突如暴れだしてしまいました……！
一方そのころ、自宅でうたた寝をしていたルイージ。オヤ・マー博士から無理やり呼び出されたルイージは、散り散りになったダークムーンのカケラを集めるため、オバ渓谷の調査に繰り出すことになります。

ルイージの探索に欠かせないのが、掃除機のような見た目の「オバキューム」。暗いところを照らしたり、いろいろなものを吸って、吹いて、しかけを動かしたりと、頼もしい相棒です。
さらには、オバケを見つけたら、ピカッとオバケを驚かせて、スポッと吸い込むことができます。
オバキュームの力を借りて、危険なオバケだらけのマンションを探索していきます。

「オバ渓谷」のオバケたちが住み着くのは、こわーい洋館だけではありません。かつて植物研究所だった館や、時計工場のあった砂地、氷と雪に覆われた坑道などさまざま。
あの手この手で待ち受けるオバケやしかけを乗り越え、果たしてルイージは、オバ渓谷の平和を取り戻すことができるのでしょうか……？